A independência de pensamento e o compromisso com valores democráticos são constantes na trajetória de Pinguelli Rosa. Muito jovem, recém-saído da Academia Militar das Agulhas Negras, foi preso e respondeu a inquérito por se opor ao golpe de 1964.

Durante a ditadura, sempre esteve ao lado das iniciativas que se opunham ao regime militar e em favor das eleições diretas. Em 1986, pela primeira vez eleito diretor da Coppe/UFRJ, uma de suas primeiras medidas foi trazer de volta à instituição professores afastados por sua atividade política.

Pinguelli participou ativamente dos debates da Assembleia Constituinte, em que defendeu a caracterização de estatais como empresas públicas, com maior controle social, e a criação de mecanismos de controle sobre o uso da energia nuclear no país. Teve atuação ativa , articulando diferentes setores tais como sindicatos, associações profissionais, partidos políticos e representantes do congresso nacional na luta contra a privatização de empresas estatais tais como Light, Embratel, Vale do Rio Doce e empresas do grupo Eletrobras, especialmente Furnas, Chesf, Eletrosul e Eletronorte.

Pinguelli acreditava em um conceito de democracia mais amplo do que o direito ao voto e à liberdade partidária. Como o sociólogo Herbert de Souza, o Betinho, com quem atuou no Movimento pela Ética na Política, o físico acreditava que a essência da democracia é a mobilização dos cidadãos em torno de cinco princípios: igualdade, diversidade, participação, solidariedade e liberdade. Juntos, os dois participaram do Movimento pela Ética na Política. Pinguelli, Betinho e o amigo e parceiro Andre Spitz criaram o Comitê de Entidades Públicas no Combate à Fome e pela Vida (Coep), que se tornou uma rede nacional de organizações para o desenvolvimento de iniciativas de combate à fome.

Em 2016, Pinguelli posicionou-se contra o afastamento da então presidente Dilma Rousseff, renunciando à secretaria-executiva do Fórum Brasileiro de Mudanças Climáticas.